食堂承包企业经营的难点问题包括：食品安全问题、人员管理问题、财务管理问题、采购管理问题等 。其中，食品安全问题是食堂承包企业面临的最大问题之一，因为食品安全事关人民群众的生命健康，一旦出现问题，会给企业带来不可估量的损失。此外，人员管理问题也是食堂承包企业需要解决的一个重要问题，包括人员的招聘、培训、考核等。财务管理问题主要涉及到成本控制和资金流动等方面。采购管理问题则主要包括原材料采购和库存管理等方面 。
